農村人居環境整治三年行動方案實施一年多來，親見一個個生態宜居的村莊干凈整潔、庭院優美、河流清澈、樹木成林……農村環境的明顯改善，讓農民的幸福感、獲得感、安全感和滿意度顯著提升。但是，一些地方仍然存在農村生活垃圾治理不夠深入、農村改廁發展不平衡不充分、農村生活污水治理管運維體系建設有待加強等問題，需要持續深入推進。
發揮農民主體地位，激發村民參與農村人居環境治理的主動性，是有效治理農村人居環境的重要一環。專家認為，政府職能部門在落實農村人居環境治理責任的同時，還應采取切實措施，運用政策杠桿的“撬動效應”，教育、鼓勵、引導農民積極參與到農村人居環境綜合整治行動中來，從而養成自覺保護環境的習慣，讓村民更有獲得感。
目前，一些地方在推動農村人居環境整治過程中，注重發揮農民的主體作用，取得了較好的效果
農村人居環境整治行動讓農村人居環境變得干凈、整潔、漂亮，農民的生活、生產、生態條件越來越好。然而，一些地方的確還存在“重建設、輕管護”的現象，沒有建立起符合實際的長效管護機制，導致農村臟亂差現象時有反復。
農業農村部副部長于欣榮表示，要強化農村人居環境整治長效機制建設，實現從“建起來”到“用起來”“管起來”的轉變。指導各地加大投入力度，鼓勵社會資本參與農村人居環境整治設施建設和運行管護，大膽探索、積極創新，努力推動形成共建、共管、共享的長效機制。
“農村人居環境整治不能簡單照搬城市運營管護模式，要積極探索適合農村特點的多元化的農村人居環境整治模式。”中國農業大學經管學院教授李軍認為，有些村集體經濟發展好的地方可以采取村集體管護的方式，廣泛發動農民群眾參與農村人居環境的營運管護；有些地方可以采取市場化方式，鼓勵各類龍頭企業、社會組織、個人參與農村人居環境建設和運營管護。
此外，農村人居環境整治還要明確地方黨委和政府以及有關部門、運行管理單位責任，建立有制度、有標準、有隊伍、有經費、有督察的村莊人居環境管護長效機制。要鼓勵專業化、市場化建設和運行管護，有條件的地區可推行城鄉垃圾污水處理統一規劃、統一建設、統一運行、統一管理；鼓勵有條件的地區探索建立垃圾污水處理農戶付費制度，完善財政補貼和農戶付費合理分擔機制。